手动进样阀通常有美国某公司生产的高效7725型、7725i型、液相9725型、色谱9725i型进样阀。高效7725型的液相阀体为不锈钢材料制成，i表示这种进样阀具有触发同步信号线。色谱每进样一次，高效自动启动工作站。液相还有一种电动进样阀，色谱由电动机控制装样状态，高效每次进样完毕，液相样品进入分析柱一定时间后i电动机自动将阀置于装样状态。色谱在实际分析中，高效还可以使用十通阀，液相在线对两根色谱柱进样。色谱
现在生产的高效液相色谱仪都可以选配自动进样器装置。自动进样器在程序控制器或计算机控制下可自动完成取样、进样、清洗等一系列操作，使用者只需预先编制程序，将处理好的样品按顺序装人储样装置即可。自动进样器的优点是可以提高工作效率，延长有效工时。这一点在梯度洗脱、多残留分析或方法建立时非常有用；缺点是价格较贵，故障率高，维修困难，样品瓶需要严格的清洗程序。
3、分离系统
高效液相色谱法的分离系统包括保护柱、色谱柱及柱恒温箱，是高效液相色谱仪的核心部位。保护柱起到保护色谱柱的作用，固体微粒、污染物首先被保护柱阻挡。保护柱可以定期清洗或更新。当发现有鬼峰或分离度下降时，首先应考虑保护柱是否被污染。保护柱和色谱柱要配套使用，填料一致，才能真正起到保护作用，即C18色谱柱就要用C18保护柱。通用型的保护柱一般与色谱柱通过管路连接，也有一体式的保护柱套直接同色谱柱对接。色谱柱又是核心的核心，起到对进入色谱系统混合组分分离的作用，即混合组分从色谱柱进口刚进入时，各组分都站在同一条起跑线上，经分离后，从柱尾端洗脱出，逐一进入检测系统。
4、检测系统
检测系统一般由独立的检测器或附属部件构成，其功能是将物理或化学特性转变为可处理的电信号，如紫外检测器、荧光检测器、电化学检测器、质谱检测器。
5、计算机控制和数据处理系统(含工作站)
该系统一般由控制硬件和软件、数据处理软件包及计算机组成。现代高效液相色谱仪都通过计算机来控制或进行数据处理。除标准化的要求以外，不同的生产厂家开发出各自的数据处理或工作站软件，通用性较差。数据处理软件一般只有数据采集和处理、编制并打印报告的功能，如国产软件N2000。工作站软件除具备前者功能外，还有设置仪器分析参数、操纵控制仪器设备及复杂的后处理功能，如某公司的Empower3、AgiIentHPLC化学工作站软件等。现代大型工作站软件包都可以根据仪器不同配置进行安装设置，且具有远程控制功能。计算机与仪器的通信已逐步采用了以太网卡连接，这样成本低，通用性更强。
二、流动相和固定相
(一)流动相
流动相是影响分离的一个重要调节因素。一种理想的液相色谱流动相溶剂应具有低黏度、检测器兼容性好、容易回收、低毒等特性。为了获得较好的分离和选择性，流动相常采用改性剂，农药残留分析应用较多的改性剂有甲酸、乙酸、甲酸铵、乙酸铵等。没有挥发性的改性剂不能用于质谱、蒸发光散射等检测器。反相离子对色谱法是分析工作中一项实用技术。
反相高效液相色谱法采用的流动相多为乙腈、甲醇配合水。一般情况下乙腈一水体系能够满足多数样品的分离要求，但甲醇在农药残留分析中也是极为重要的洗脱剂。乙腈的特性是黏度低、色谱峰形好，可在较短波长下使用，系统的压力约为同比例的甲醇的1／2，噪声小。但乙腈的价格较甲醇约贵10倍。
在分析过程中，有时需要在保持流动相强度和极性不变的情况下，通过采用不同的溶剂来改变选择性，从而获得满意分离。
正相高效液相色谱法流动相常以己烷作基础溶剂。当洗脱极性较强的组分时，用二氯甲烷、四氢呋喃来调节极性。
对常用流动相的要求：现在能够购买到大多数HPLC级、PR级的溶剂用于农药残留分析，实验室已很少自行处理制备溶剂。流动相中许多溶剂都有一定毒性，在试验过程中，注意采取防护措施，譬如具有良好的通风设施并能正常工作。
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